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Dans le fief de Shimabara, l’évangélisation connaît le succès à la suite de la conversion de son seigneur (daimyo), Arima Harunobu (1561?-1612), en 1580. Cependant, entre 1612 et 1615, les premières arrestations et exécutions de catholiques ordonnées par le successeur de Harunobu, Arima Naozumi (1586-1641), et les autorités de Nagasaki ébranlent les chrétiens. Après dix années de (relatif ) répit, Matsukura Shigemasa (1574-1630), le seigneur du fief depuis 1616, orchestre une nouvelle vague de répression visant à saper l’organisation religieuse des villages en coupant leurs liens avec le clergé et en soumettant les figures laïques locales. Entre 1625 et 1630, plus de soixante-dix fidèles perdent la vie, et pratiquement la totalité de la population est contrainte de renier formellement le christianisme. Cette période de cinq années est très bien documentée grâce aux sources missionnaires et à des chroniques japonaises régionales. Or, les recherches précédentes ont généralement négligé ces documents ou les ont étudiés séparément. Cet article montre que leur examen comparatif rend possible l’étude, à micro-échelle, de la logique répressive, de l’équilibre des forces dans les villages, de l’ambivalence des chrétiens face à la clandestinité et de l’apostolat des derniers missionnaires. En d’autres termes, ces témoignages nous permettent de réévaluer selon différents points de vue l’expérience de ces communautés durant la période d’interdiction, quelques années avant la révolte de Shimabara-Amakusa (1637-1638).